Năm Vĩnh Lịch thứ 15 (1661), Vĩnh Lịch Đế lẩn trốn sang Miến Điện, mang theo Vương Hoàng hậu, hai vị Quý nhân Dương thị và Đới thị, cùng với Chu Từ Huyên.

Năm Vĩnh Lịch thứ 16 (Khang Hi nguyên niên) (1662), Miến Điện vì muốn lấy lòng triều đình nhà Thanh mà đã giao nộp gia đình Vĩnh Lịch Đế cho phản tướng Ngô Tam Quế[4][5]. Ngô Tam Quế sai người thắt cổ Đế-Hậu Vĩnh Lịch, Dương Quý nhân, Đới Quý nhân và Chu Từ Huyên trong một tòa miếu nhỏ tại Côn Minh, không rõ sau đó chôn cất ở đâu[6][7].

Mã Thái hậu khi này không rõ tung tích, có thể bà không hề trốn sang Miến Điện nên vẫn an toàn. Mã thị là thân nhân duy nhất của Vĩnh Lịch Đế không bị tàn sát, mà vẫn sống sót dưới thời nhà Thanh và được triều đình cấp sinh hoạt phí.

Về sau, Trịnh Thành Công truy phong Vương Hoàng hậu là Hiếu Cương Mẫn Túc Triết Thận Chính Hoà Ứng Thiên Thuận Khuông Hoàng hậu (孝剛敏肅哲慎正和應天順聖匡皇后). Các con trai của bà cũng được truy thuỵ tử tế.